Strzeżemy się wirusa. Jak pracuje laboratorium w Narodowym Instytucie Onkologii, wykonujące badania na koronawirusa? Data dodania: 2020-08-24

Z dr n. med. Jolantą Mrochem-Kwarciak, kierownikiem Zakładu Analityki i Biochemii Klinicznej Narodowego Instytutu Onkologii w Gliwicach, w którego strukturach działa pracownia molekularna wykonująca badania na obecność SARS COV-2, rozmawia Małgorzata Lichecka. 

W badaniu genetycznym sprawdzamy obecność wirusa w górnych drogach oddechowych poprzez pobranie wymazu. Zgodnie z zaleceniami WHO, badanie wykrywające obecność RNA wirusa SARS-CoV-2 jest „złotym standardem”. Natomiast badania o charakterze immunologicznym czy serologicznym, czyli przeciwciał IgM i IgG, mają większe znaczenie w wykrywaniu przebytego zakażenia. Wykonując tylko badanie przeciwciał, nie możemy wykluczyć, czy chory nie ma jeszcze aktywnej postaci zakażenia. Gdy wytworzą się przeciwciała klasy IgM, oznacza to, że niedawno przeszliśmy infekcję lub jeszcze ją przechodzimy, czas wytworzenia się przeciwciał tego typu to 10-13 dni. Z kolei przeciwciała klasy IgG mówią raczej o przebytym zakażeniu. 

O ile nauka w zakresie innych wirusów daje wiedzę o tym, w którym momencie organizm wytwarza przeciwciała o odpowiednich klasach (IgM, IgA czy IgG), o tyle w przypadku SARS-CoV-2 nie jest to jednoznaczne. W momencie wybuchu pandemii w obiegu naukowym znalazły się głównie chińskie publikacje i to z nich czerpaliśmy wiedzę. Na początku było dużo niewiadomych. Na przykład pojawiły się opracowania wskazujące, że przeciwciała IgM, czyli te wczesne, wytwarzają się nawet po dwóch, trzech dniach, co dla nas było niesłychanie zadziwiające. Dziś wiemy, że wprawdzie zdarzają się takie przypadki, ale zasadniczo spodziewamy się ich w 10. dobie i później. Co więcej, okazuje się, i to także wynika z wielu opracowań, że po przechorowaniu przeciwciała IgG mogą zanikać u niektórych osób po kilku miesiącach. 

Trudno w tej chwili jednoznacznie odpowiedzieć na to pytanie, ta kwestia wciąż pozostaje w centrum zainteresowania naukowców. 

Kiedy pojawiły się doniesienia w amerykańskich czasopismach naukowych, wydawało się, że sytuacja rzeczywiście się stabilizuje. Wiemy o wirusie coraz więcej, trwają intensywne prace nad szczepionką, a naukowcy obrali w swoich badaniach zarówno kierunek immunologiczny, jak i genetyczny. Jednak o ile w diagnostyce SARS-CoV- 2 możemy mówić o względnie dobrej sytuacji, o tyle w leczeniu COVID-19, choroby, którą wywołuje ten wirus, jest inaczej. Tu możliwości są nieco ograniczone, okazuje się także, że występują różnice między chorującymi na Śląsku i tymi z włoskiej Lombardii czy USA.

W Polsce chorujemy lżej być może dlatego, że obligatoryjnie szczepiliśmy się przeciwko gruźlicy.

Utworzenie pracowni COVID zdecydowanie najlepiej sprawdza się w laboratorium, które w swojej strukturze posiada pracownię mikrobiologii i są w nim zatrudnieni mikrobiolodzy. Na co dzień pracują oni z różnym materiałem, więc dysponują dużą wiedzą na temat zagrożeń, są wyczuleni i świadomi stosowania obostrzeń i reżimów dotyczących sposobu pracy. W pracowni znajdują się śluzy – specjalne miejsca do zakładania i zdejmowania skafandrów czy tzw. fartuchów barierowych, stosuje się dwie pary rękawiczek, maski oraz gogle. Przy rozbieraniu się szalenie ważna jest kolejność, by nie doszło do zakażenia. 

Tzw. strefa brudna to miejsce, w którym pod komorą laminarną wyciągane są „wymazówki”, przelewany jest płyn, w jakim się je zanurza, a następnie obrabiany i izolowany jest materiał genetyczny – w przypadku SARS-CoV-2 to nić RNA. W tej strefie musimy wirusa potraktować specjalnie – pozbawić go otoczki i dostać się do materiału genetycznego. Mikrobiolodzy wiedzą, jak pracować, by nie doszło do kontaminacji (zanieczyszczenia) powierzchni i pozostałych próbek pobranych od pacjentów. Jeżeli tak by się stało, wówczas moglibyśmy wydawać wyniki fałszywie dodatnie. 

Pracują w niej genetycy i mikrobiolodzy. Na specjalnych analizatorach wykrywają bezpieczny już dla nas materiał genetyczny RNA wirusa, jeśli znajduje się on w próbce. 

Wirus składa się z otoczki białkowej oraz posiada powierzchniowe glikoproteiny – białko S, o którym mówi się spike (kolec), a także białko N. Oba białka – antygeny – są silnie immunogenne, nasz organizm je rozpoznaje i wytwarza specyficzne przeciwciała. Żeby oznaczyć materiał RNA, musimy zniszczyć osłonkę wirusa oraz jego wypustki, czyli te białka właśnie. 

Technika biologii molekularnej i standardy laboratoryjne wymuszają na nas tzw. bankowanie, czyli magazynowanie materiału. Mrozimy w -70 stopniach Celsjusza zarówno płyn, który pozostaje z „wymazówki”, jak i izolaty – wyizolowany RNA. Przechowujemy ten materiał w celu ewentualnej weryfikacji badania. 

Dziś sytuacja się unormowała – na Śląsku mamy 20 laboratoriów covidowych, a kiedy wybuchła pandemia, były tylko cztery. Nasza pracownia wykonywała wówczas badania dla ponad 30 śląskich szpitali. W kwietniu i maju pracowaliśmy na dwie zmiany, na pełnych obrotach, badając po 600 próbek dziennie. Teraz współpracujemy z dwoma dużymi szpitalami jednoimiennymi z Chorzowa i Gliwic, a także mniejszymi – z Mikołowa i Pilchowic. 

Mamy zwykle do przebadania około 150 próbek w ciągu dnia. Wykonujemy również testy na potrzeby pacjentów naszego instytutu, bowiem od początku lipca obowiązuje procedura badania na obecność SARS-CoV-2 u każdego przed hospitalizacją. Pacjent przyjeżdża na badanie dzień przed przyjęciem do szpitala. Pobieramy od niego materiał, po czym wraca do domu, gdzie przebywa w reżimie sanitarnym. Wynik badania otrzymuje następnego dnia i jeśli jest ujemny, może rozpocząć leczenie. 

Teraz jest spokojniej, ale mamy świadomość, że to czasowe i jesienią może być znacznie gorzej.

Nie. Początkowo diagności bali się każdego materiału pacjenta zakażonego koronawirusem – krwi, osocza. Badania wykazały jednak, że ten rodzaj materiału nie jest zakaźny. Największe obostrzenia dotyczą wydzielin z górnych dróg oddechowych. Jeśli pracujemy w kombinezonach, mamy maseczki, przyłbice, gogle, większość prac wykonujemy pod komorą laminarną, to czujemy się bardzo bezpiecznie i nie jest dla nas żadnym problemem, by takie badanie wykonać. Nasze pomieszczenia są dezynfekowane, fumigowane, posiadamy lampy bakteriobójcze. Czasami nawet śmiejemy się, że u nas bezpieczniej, niż na ulicach, bo tam ryzyko zakażenia wydaje się być większe.